
CPU はATmega328Pを使用します。通常のCPUのためこのままではArduino IDEを接続してもプログラムは書き込めません。Arduino IDEでプログラムを書き込むにはCPU に Bootloader が事前に書き込まれている必要があります。
詳しくは https://synapse.kyoto/tips/bootloader/page001.html を参考にしてください。
プログラムの作成、書き込みにAtmel Studio 7とJTAGICE3(現在はATMEL-ICE-BASICにアップグレードしている。)

を使用します。
Atmel Studio 7 はAteml のホームページ http://www.atmel.com/ja/jp/tools/ATMELSTUDIO.aspx へ行きユーザー登録すると、Atmel Software Download のメールが来ますので指示に従って登録すればダウンロードできます。
ダウンロードする場合は「Atmel Studio 7.0 (build 1006) offline installer」をお勧めします、ファイルサイズは大きいですが、一旦ダウンロードするとネット接続なしでインストール可能です。
ダウンロード後は。as-installer-7.0.1006-full.exeをクリックするとインストールが始まります。あとはNext(またはInstall)をクリックするだけでインストール可能です。USB ドライバーもインストールされます。
プログラムの開始
Atmel Studio 7の起動
(マイクロソフト社のVisual Studio をベースにコンパイラが Atmel 用のGCC となっています。8bit, 32bit用のCPU に対応)New project... を選択し、新規作成を行います。

GCC C 実行用を選択し保存するフォルダーを指定します。

CPU を選択します。

暫くすると雛形が作成されます。これに新たにプログラムを追加していきます。

標準では行番号が表示されていないので行番号を表示させます。
メニューよりツール → オプション テキストエディター → テキスト形式 行番号にチェックを入れます。

main.h ファイルを追加する場合はソリューションエクスプローラーのプロジェクト名を右クリックし
追加→新しい項目 を選択し、

ファイル種別とファイル名を指定します。

タイマー割り込みを使用するため
同様にTimer0.c Timer0.h を追加していきます。
プログラムをCPUに書き込みます。
ツール → Device Programming で書き込み画面を表示させ[Apply] ボタンをクリックします。
memories タブで書き込むプログラムを確認して書き込[Program]ボタンをクリックすると書き込みが開始されます。

書き込み後、すぐにプログラムが走ます。(でも、LED の点滅間隔がやけに長く感じます。)
Fuse 設定を確認すると

CKDIV8 にチェックマークがついており。この為クロックが1/8 になっています。チェックを外して再度書き込みます。

これでプログラムの作成から書き込みまでがおわりました。
ソースを置いておきます。Atmel_LED_20160905.zip
次回はデバッグ方法を書いてみます。